Es ist überliefert, dass das Kloster im 10. Jahrhundert gegründet wurde, die Kanoniker von Sant’Egidio werden jedoch bereits im Jahr 1050 erstmalig erwähnt. Es ist der Sitz der Pfarrgemeinde, der Gebäude beinhaltet, die zwischen dem 11. und 18. Jhdt. erbaut wurden. Das Hauptgebäude aus Steinmauern und der angrenzende größere Glockenturm wurden 1512 vom Propst Carlo di Challant errichtet.

Die heutige Pfarrei von Sant’Egidio dahingegen, wurde im Jahr 1775 an der Stelle der alten romanischen Kirche errichtet, von der heute noch ein einfacher kleiner Glockenturm erhalten ist. Zu diesem Anlass stimmte der Graf Francesco Ottavio di Challant einer Zusammenlegung der Vorgängerkirche mit der dem heiligen Gregor und Mauritius geweihten Kapelle zu, die 1407 auf Veranlassung des Cavaliere Ibleto di Challant als Familiengrabstätte errichtet wurde. Die Strukturen dieser Kapelle sind noch heute gut erkennbar: außen an dem wunderbaren Steinbogen, der aus der dem Dorf zugekehrten Wand herausragt, innen aufgrund des gotischen Deckengewölbes, das von den baulichen Eingriffen im 18. Jhdt. verschont blieb.

Am 25. Mai 1800 beherbergte das Kloster von Verrès Napoleon für die Nacht, als er und seine Truppen vom Gran San Bernardo abstiegen und das Aostatal durchquerten, um seinen zweiten italienischen Feldzug zu beginnen.

Seit Dezember 2015 finden Pilger, die auf der Via Francigena wandern, Gastfreundschaft in der Stiftskirche im Gebäude „La Casa del Pellegrino“.