La cappella dei Cappuccini racchiude secoli di storia; nel 1626 il Barone Paul Emmanuel di Challant, con atto del 22 marzo, cedette all’ordine una casa affinché vi fondasse un convento. Nel 1633, dopo lavori di sistemazione e di adeguamento, vi si insediarono i primi frati cappuccini.
Annessa alla casa trasformata poi in convento sorgeva una cappella dedicata a San Grato, il potente taumaturgo cui si ricorreva per sanare malattie, guerre e carestie. Giudicata troppo piccola, la cappella fu completamente riedificata fra il 1635 e il 1642 e dedicata a San Francesco d’Assisi, raffigurato su un bell’altare ligneo che si può ammirare ancor’oggi al suo interno, insieme agli stemmi delle famiglie Challant e Passerin d’Entrèves.

La Rivoluzione Francese portò alla soppressione di molte istituzioni monastiche e nel 1802, dopo i conventi di Aosta e Morgex, fu la volta anche di quello di Châtillon: i frati furono cacciati e l’edificio utilizzato come magazzino per le truppe.

Dopo varie traversie ed utilizzi, nel 1895 il Vescovo di Aosta, Mons JosephAuguste Duc, acquistò l’edificio dal Comune ed il convento ospita attualmente l’unica Comunità di Cappuccini in Valle d’Aosta.